中心下设实训教学部、教学研究部、科技创新部、装备部和中心办公室五个职能部门，全面负责中心的虚拟仿真实验教学、教研、科研、创新等工作。

实训教学部  下设8个石油化工与装备特色实训室、3个虚拟仿真微机室和12个石油化工与装备生产现场实训基地，负责石油化工与装备虚拟仿真实训教学工作，使学生真实体验和感受大工业生产场景，提高实训效果，真正实现学生与现场技术和生产实际的紧密结合。

教学研究部  负责中心教学大纲及教学方案的制定，开展教学、科研项目的研究，进行学生课程设计、毕业设计指导等方面的工作。

科技创新部  负责石油化工与装备仿真教学设备、教学应用虚拟软件及课件的开发；负责相关成果转化、管理及推广应用工作；承担大学生第二课堂、科技创新活动、大学生设计竞赛及社会实践活动；负责产品推广和技术服务收入，有效保证了中心的可持续发展。

装备部  负责教学仪器设备的购进、运行、维护以及教学网络平台硬件、软件的技术维护和升级更新，同时负责教学实习材料、库房、车辆等的日常管理，保障中心教学、教研、科研的顺利进行。

中心办公室  负责中心内外联络及日常后勤保障供给工作。